Clermont Auvergne Métropole assure la compétence assainissement collectif, c’est-à-dire la collecte, le transport, le traitement des eaux usées d’une majeure partie des communes de la Métropole. Elle gère une station d’épuration principale, la Station des Trois Rivières et 8 petites stations d’épuration.

Clermont Auvergne Métropole assure également la compétence « Assainissement non collectif » d’une partie du territoire. En fonction des communes, l’assainissement est géré soit par Clermont Auvergne Métropole (en régie ou en délégation de service public) soit par des syndicats dédiés.