Le réseau d'assainissement de Clermont Métropole a pour fonction de collecter les différents types d'eaux usées. Il est en grande partie unitaire et collecte à la fois les eaux usées et une partie des eaux pluviales pour les conduire vers une station d'épuration. Le reste du réseau est séparatif : une conduite collecte uniquement les eaux usées qui sont épurées en station d'épuration, une autre conduite collecte uniquement les eaux pluviales qui sont rejetées dans le milieu naturel.

La principale station d'épuration de la Métropole est la station des Trois Rivières. Le territoire comporte 2 autres stations qui dépendent de syndicats. Les territoires d'Orcines et Saint-Genès-Champanelle comportent également de petites stations collectives. Certaines habitations situées en zone d'assainissement non collectif disposent d'installations de traitement individuelles (assainissement non collectif)