Pour les XVIIe et XVIIIe siècles, le MARQ présente un bel ensemble de portraits – notamment de Blaise Pascal, figure locale forte, et de son entourage, et un Autoportrait du peintre de la Cour de France Hyacinthe Rigaud. Plusieurs toiles témoignent de l’émergence du genre du paysage, comme la Marine de Claude-Joseph Vernet. Un cycle monumental de douze peintures à l’huile sur toile sur le thème du roman de l’Arioste Roland Furieux est exposé au niveau 1. La collection d'objets d'art est représentée en particulier par un ensemble de faïences de Clermont-Ferrand. 

Le visiteur peut découvrir l’art du XIXème à travers les toiles néo-classiques de Thomas Degeorge, originaire du Puy-de-Dome et élève de Jacques Jean Louis David, l’oeuvre monumentale du romantique Théodore Chassériau La défense des Gaules, les peintures orientalistes de Prosper Marilhat, les vues d’Auvergne de Camille Corot, Théodore Rousseau, Jules Laurens, Victor Charreton, les créations symbolistes d’Alphonse Osbert et de Gustave Doré mais aussi des sculptures de Frédéric Auguste Bartholdi, de Camille Claudel et d’Auguste Rodin. Le style art nouveau est visible dans les arts décoratifs. Le MARQ a acquis récemment un ensemble de bijoux réalisés par le joaillier Albert Peghoux, originaire d’Issoire, grâce au don de son arrière petite-fille. 

L'art du XXe siècle est représenté majoritairement par la collection de Maurice et Simone Combe, marchands d’art clermontois, engagés dans la défense de l’art figuratif moderne. Constituée de 415 œuvres, cet ensemble fut donné puis légué au musée des beaux-arts de Clermont-Ferrand entre 1992 et 2004. Elle est visible au niveau -2 du musée, dans l’extension construite spécifiquement pour les accueillir.  Cette collection comprend une quarantaine d'artistes dont Bernard Buffet, Georges Rouault, Othon Friesz, Jean Fautrier, Marie Laurencin, Moïse Kisling, Marcel Gromaire, André Marchand, Bernard Lorjou, Antoni Clavé, Michel de Gallard. 
D’autres grands noms de l’art moderne figurent également dans les collections modernes du MARQ comme  Jean Arp grâce au don de trois sculptures par sa veuve en 1976, ou des arts graphiques (estampes et dessins originaux d’Henri Matisse, Pablo Picasso, George Braque, Raould Dufy) grâce aux achats effectués à partir des années 1960. 

Collections textiles :

Le fonds textile du musée d’art Roger-Quilliot comprend plus de 5000 items couvrant les productions textiles des cinq continents (Asie, Afrique, Amériques, Océanie, Europe). Sa constitution commence au début des années 1990, à l’initiative de l’association du Tapis d’Art alors installé dans les locaux du musée Bargoin. Au départ composé de tapis « d’Orient », ce fonds textile s’ouvre, dans les années 2000, à la notion plus large d’ « art textile extra-européen ».
Il s’agit principalement de pièces textiles issues des mondes ruraux et nomades extra-européens. de différentes typologies : pièces de mobilier textile (tapis noués et tissés, tentures, couvertures), d’architecture textile (tente, bandes de tente, vélums, parois textiles), éléments de costumes (vêtements, coiffes, bijoux, accessoires), pièces rattachées à la vie domestique (pièces de hammam, sacs de portage, tapis de selle, vanneries), outils en rapport avec la technologie textile (métiers à tisser, peignes à carder, matériel de teinture, etc.). Les pièces proviennent essentiellement des cinq continents. Elles couvrent différentes régions du monde : Proche-Orient, Moyen-Orient, Extrême-Orient, Asie de l’Est, du Sud-Est, Asie du Sud et de l'Ouest, Asie centrale, Afrique du Nord, Afrique subsaharienne, Amérique du Nord, Amérique centrale et Océanie.   Maintenant transférée au MARQ, et en partie labellisée « musée de France », cette collection unique en France couvre des savoir-faire et usages textiles très variés, allant du 18e au 21e siècle et offre un regard inédit sur le monde. 

Au cœur du propos de la collection du MARQ, un thème fort et fédérateur : l’humain, présenté par le biais des productions artistiques et ethnographiques divers. En offrant un double regard sur l’Homme, le musée souhaite alimenter la réflexion sur notre société et les défis actuels de l’humanité.